GenBankファイルから遺伝子を切り出すPythonスクリプト

これまでGenBankファイルから遺伝子を切り出すため、とあるPerlスクリプトを使っていたのですが、Perlのアップデートに伴って使えなくなっていました。そこで練習がてらGenBank形式のファイルからタンパク質遺伝子の塩基配列を取り出すPythonスクリプトを作成しました。

以下よりダウンロードできます。

GBstrip.py

使い方:

python GBstrip.py inputfile

*Python version 3.8での動作を確認しています。なお、inputfileの名前は任意です。

追記（2021/12/13）
GBstrip.pyを改良し、タンパク質遺伝子以外にもtRNAとrRNAも切り出せるようにしました。また、複数のaccessionがインプットのGenBankファイルに含まれる場合、accessionごとに別々のファイルに出力するようにしました。